연구소는 1995년도 발효된 토양환경보전법에 근거하여  환경부인증하에 설립된 최초의 토양관련전문기관으로 비영리 재단법인으로 출범하였다.

설립목적은 토양오염에 의한 환경위해성을 사전에 예방하고 오염된 토양을 환경친화적으로 복원함으로써 국내 환경보전 노력에 일익을 담당하고자 설립된 , 특정토양오염관리대상시설에 대한 법적검사, 토양오염 정밀조사, 토양환경평가, 오염토양정화 검증 등의 법정업무와 기타 유관업무를 수행하며 토양오염에 관한 연구를 통하여 국가적인 토양환경보전 노력에 공헌하고자 한다